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南凉秃发傉檀和北凉沮渠蒙逊屡来侵伐，“姑臧谷价踊贵，斗直钱五千文，人相食，饿死者十余万口”（《晋书·吕隆载记》）。403 年，吕隆向后秦姚兴投降，后凉亡。
南凉秃发乌孤部，是拓跋鲜卑的一支，其“秃发”两字，是“拓跋”的异译。据传，他们与北魏拓跋氏同源。八世祖秃发匹孤率领这支鲜卑拓跋从塞北迁到河西，被称为河西鲜卑。他们活动的地区，“东至麦田、牵屯，西至湿罗，南至浇河，北接大漠”，其中心地区是今甘肃武威东、兰州西，青海西宁市及乐都地区（《晋书·秃发乌孤载记》）。
秃发乌孤时期，部众稍盛，“务农桑，脩邻好”。筑廉川堡（今青海乐都东）以都之。公元397 年，秃发乌孤称西平王，后又改称武威王，徙于乐都。乌孤时，广收各方人才。史称“四夷之豪隽”，“西州之德望”，“文武之秀杰”，“中州之才令”，“秦雍之世门”，“皆内居显位，外宰郡县，官方授才，咸德其所”。（同上）
乌孤死，弟利鹿孤继位，徙居西平（今青海西宁），改称河西王。秃发利鹿孤有意采用兵农分离制，以汉人为农，鲜卑为兵。《晋书·秃发利鹿孤载记》记载，其将鍮勿崙对利鹿孤说“宜置晋人于诸城，劝课农桑，以供军国之用；我则习战法，以诛未宾。”但这种制度似未能实行，或行而未能贯彻。傉檀一次征伐沮渠蒙逊，曾“征集戎夏之兵五万余人，大阅于方亭”（《晋书·秃发傉檀载记》）。这戎夏之兵中的夏，当然是晋人。乞伏炽磐袭乐都时，乐都守军曾拟“聚国人（鲜卑）于内城”，使“晋人距战于外”。可证晋人也是当兵打仗的。
利鹿孤在部族中提倡儒学。建立学校，开庠序，选耆德硕儒，以训胄子，以赵诞等为博士祭酒。
利鹿孤死，弟傉檀继位，改称凉王，又迁回乐都。这时，后秦姚兴强大，傉檀向姚兴称臣，姚兴以傉檀为使持节、都督河右诸军事、车骑大将军、领护匈奴中郎将、凉州刺史，镇姑臧。据有凉州姑臧，是傉檀的宿愿，达到了目的，傉檀随即和姚兴分裂，自称凉王。
这时北凉沮渠蒙逊和夏主赫连勃勃强大，常出兵侵犯南凉北境，南凉曾先后为沮渠蒙逊和赫连勃勃所败。傉檀后又以五万骑伐蒙逊，又大败于穷泉，傉檀只身逃回。傉檀被迫放弃姑臧又迁回乐都，在乐都又三次受到沮渠蒙逊的包围。
南凉连年对外战争，农业失耕，使得“连年不收，上下饥弊”
（《晋书·秃发傉檀载记》）。傉檀带兵去掠夺青海乙弗部。战争是胜利了，掠获牛马羊四十余万头。但都城乐都却为乞伏炽磐乘虚袭破。傉檀后退无路，部众离散，遂奔降西秦。时为44 年，南凉亡。南凉建国凡十九年。北凉和西凉是临松（今甘肃张掖南）卢水胡沮渠蒙逊和陇西狄道（今甘肃临洮）汉族世家李暠所分别建立。《宋书》卷九八《大且渠蒙逊传》载“匈奴有左且渠右且渠之官。蒙逊之先为此职。羌之酋豪曰大。故且渠以位为氏，而以大冠之。世居卢水为酋豪。”依此，“卢水胡”，意谓卢水（今黑河）地区的胡人，没有表明这种胡人的族属。而沮渠既以匈奴的官职为氏，又取羌人酋豪之称，似可信其为匈奴人，而所部群众则有相当数量的羌人。
蒙逊的父亲，为前秦中田护军。蒙逊代父领部曲，以有勇略，多计数，为诸胡所推服。吕光建后凉政权后，蒙逊仍统率旧部，而叔父罗仇任西平太宁。399 年春，吕光遣子镇东将军吕纂率罗仇伐西秦乞伏乾归，前军大败。吕光委罪罗仇，杀罗仇。是年四月，蒙逊求归葬罗仇于临松，宗姻诸部曲会葬者万余人。因杀吕光在临松所置官吏，与从兄沮渠男成推建康太守段业为使持节、大都督、龙骧大将军、凉州牧、建康公。段业以蒙逊为镇西将军，临池太守，又领张掖太守。蒙逊多次受命征讨，均为段业立了战功。
蒙逊恐以雄武为段业所惮，内不自安，请为西安太守。段业怕他在肘腋之下，会发生重大的变故，也就答应了他。这时，段业以谋叛嫌疑杀了男成。蒙逊就借口为兄报仇，攻下张掖，杀了段业，自称车骑大将军，建号永安。这时是400 年五月。敦煌太守李暠也在这一月起兵，自称冠军大将军、西胡校尉、沙州刺史，称庚子元年，与蒙逊相抗。至是，北凉和西凉都先后由后凉分裂出来了。
这里所说蒙逊建号永安和李暠称庚子元年，都在公元400 年，即晋隆安四年，系据《宋书》卷98，《大且蒙逊传》。近人著书，多以永安元年为公元40 年，当是依据《资治通鉴》卷2 和《晋书沮渠·蒙逊载记》。
西凉初建都张掖，后迁都酒泉。西凉的疆域，只有今甘肃的酒泉、玉门、安西、敦煌等县，是十六国中“地狭民稀”的一个国。西凉建国后的第十七年，即47 年，李暠病死，子李歆继位。420 年，西凉为北凉所灭，首尾二十一年。
北凉一直是西凉的一个劲敌，但战争中也互有胜负。420 年，沮渠蒙逊声称东伐西秦乞伏炽磐，李歆想乘机偷袭北凉的张掖。实际上，他是上了蒙逊的圈套，在进军途中，西谅军遭到北凉军队的伏击，大败。李歆不肯撤兵，结果是所率步骑三万，全军覆没，李歆战死。跟着就是酒泉失守，西凉亡。北凉初在张掖建都。经过同南凉多次的战争，夺取了姑臧。42 年，北凉迁都姑臧。沮渠蒙逊灭西凉后，取得酒泉、敦煌，河西走廊完全为其所占领，北凉全盛时，拥有武威、张掖、敦煌、酒泉、西海（郡治居延，今内蒙古额济纳旗东南）、金城、西平、乐都等郡地，并且交通西域诸国。433 年，蒙逊病死，子牧犍继位。四三九年，北魏主拓跋焘亲率大军伐北凉，包围姑臧。牧犍出降。北凉亡。北凉立国凡四十年。
北凉、西凉所在河西地区，也像淝水战前的前凉一样，是中原人户逃避战乱的一个地区，也是保持中原文化传统的一个地区。苻坚时，曾徙江汉之人万余户于敦煌，“中州之人有田畴不辟者亦徒七千余人”。后来武威，张掖以东人西奔敦煌、晋昌者，也有数千户。李暠对这些人作了安置，“分南人五千户，置会稽郡；中州人五千户，置广夏郡；余万三千户，分置武威、武兴、张掖三郡”。李暠“少而好学，通涉经史，尤善文义。及长，颇习武艺，诵孙吴兵法”。沮渠蒙逊也是汉化相当深的。他们与东晋和后来的刘宋，都有信使往来，并以藩臣自居，在文化上也有相当密切的联系。437 年，北凉主沮渠牧键曾遣使至宋，献书一百五十四卷，其中包含《敦煌实录》十卷，《凉书》等地方性历史地理书和《周髀》、《甲寅元历》等算学、历法等方面著作。牧犍又向宋求晋赵起居注等书。
北凉是十六国中最后灭亡的一个。此后，北魏统一了中国的北方，结束了十六国分裂割据的局面。
第七节东晋的衰亡淝水战后东晋的政局淝水战后，东晋乘机收复了一些北方失地。公元384 年正月，鹰扬将军刘牢之攻取秦之谯城。后上庸太守郭宝等又攻取秦之魏兴、上庸、新城、成固等地。八月，晋以徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，帅豫州刺史桓石虔伐秦。玄至下邳，秦徐州刺史赵迁弃彭城走，谢玄进据彭城（今江苏徐州）。九月，谢玄使彭城内史刘牢之攻秦兖州刺史张崇。张崇弃鄄城奔燕。牢之据鄄城，河南城堡皆来归附。十月，谢玄遣淮陵太守高素攻秦青州刺史苻朗。军至琅邪，苻朗降。谢玄又遣刘牢之等攻占碻磝（今北东东阿），济阳太守郭满攻占滑台（今河南滑县东南）。晋将军颜肱、刘袭，军于河北，遂克黎阳。谢玄遣晋陵太守滕恬之渡河守黎阳。东晋朝廷以谢玄数月之间连克秦之徐、兖、青、司、豫诸州，加玄都督徐、兖、青、司、冀、幽、并七州诸军事。385 年正月，刘牢之进驻枋头，并曾一度进至邺城。三月，荥阳人郑燮以郡降晋。四月，蜀郡太守任权攻占成都，斩秦益州刺史李丕，东晋复取益州，以广州刺史罗友为益州刺史，镇守成都。公元38 年，以前辅国将军杨亮为雍州刺史，进驻洛阳，保卫晋的祖陵。荆州刺史桓石民遣将军晏谦攻下弘农。这是东晋疆域最大的时候。
淝水战后，谢安功劳大，进位太保。谢安是想尽力协调东晋统治阶级内部关系的。淝水战后一年，公元384 年二月，督江、荆、梁、益、宁、交、广七州，扬州之义成，雍州之京兆，司州之河东军事，领护南蛮校尉，荆州刺史桓冲死，东晋朝廷拟以谢玄为荆、江二州刺史。谢安自以父子名位太盛，又怕桓氏会因失官怨望，乃以恒石民为荆州刺史、桓石虔为豫州刺史、桓伊为江州刺史，使桓氏仍掌握长江上游军政大权，保持住荆扬势力的平衡。谢安这样作，缓解了桓、谢两大家族的矛盾，却未缓解谢家和皇室间的矛盾。谢安功名既盛，孝武帝和他弟弟会稽王司马道子猜忌谢安。为了避开矛盾，谢安自请出镇广陵之步丘，屯驻在新建的新城里。太元十年（385）八月，谢安死，晋朝廷以司徒司马道子领扬州刺史、录尚书、都督中外诸军事。自此，道子继谢安掌权。
谢安执政时期，东晋政治上是安定的，谢安在门阀大族间执行平衡政策，是比较成功的。但在他执政时期，社会凋弊，百姓受侵削而流亡的现象，仍很严重。淝水战后，刘波上疏指出“今政烦役殷，所在凋弊，仓廪空虚，国用倾竭，下民侵削，流亡相属。略计户口，但咸安（37—372）以来，十分去三。”（《晋书·刘隗传附孙波传》）。
司马道子执政时期，政治更加**。前秦瓦解，北方分崩离析，东晋统治者却只是苟安江南，并无统一中国的大志。孝武帝和司马道子，一君一相，酣歌为务，官以贿迁，政刑谬乱。道子又好作长夜之宴，蓬首昏目，政事多阙。**的政治，加深了人民的痛苦。道子信佛，用度奢侈，民不堪命。当时有人就曾上疏，指出“时谷贱人饥，流殣不绝，由百姓单贫，役调深刻。”（《晋书·简文三子·会稽王道子传》）对于道子的昏庸**和抓权，孝武帝也不满意了，他遂以王恭为兖州刺史、殷仲堪为荆州刺史、王恂为尚书仆射，以张大皇室而潜制道子。公元39 年，孝武帝死，子司马德宗继位，司马道子摄政。道子委任王国宝、王绪，以对抗王恭、殷仲堪等。道子先以王国宝为中书令，兼中领军，后又任他为左仆射、领选举、加后将军、丹扬尹，领东宫兵。
安帝隆安元年（397），兖州刺史王恭联合荆州刺史殷仲堪等，以讨王国宝为名起兵。道子无奈，诛王国宝。王恭退兵还京口。
道子诛了王国宝，更任用宗室司马尚之、休之兄弟，企图削弱地方势力。道子为防王恭、殷仲堪再次起兵，就任儿子元显为征虏将军，并帅领卫将军府兵和徐州兵。
司马尚之“以藩伯强盛，宰相权弱”，劝道子“宜多树置以自卫”（《晋书·王恭传》）。道子便以王愉为江州刺史，并割豫州四郡使王愉为督。王愉为王国宝之兄，道子的同党。豫州刺史庚楷大怒，派人对王恭说“尚之兄弟，复秉机权，欲假朝威削弱方镇，为祸不测。今及其谋议未成，宜早除之。”王恭以为然，又联合殷仲堪、桓玄共同起兵。桓玄为桓温之子，在荆州有很大潜在势力，复已任命为广州刺史，但未赴任，仍住荆州，欲待机夺取荆州。殷仲堪、桓玄共推王恭为盟主。王恭所依靠的是北府兵，而北府兵将领刘牢之并不同意王恭二次起兵。
道子得悉王恭、殷仲堪、桓玄起兵的消息，忧俱不知所措，儿子元显却颇沉得住气。道子便以元显为征讨都督、假节，领兵讨伐王恭。元显使人劝说刘牢之归顺朝廷，许事成后即以王恭的位号授他。王恭出身于东晋第一号门阀，他虽依靠刘牢之，却又以牢之门第低微而轻视之，因使刘牢之深怀怨恨。刘牢之遂背叛王恭，投附元显。王恭兵败被俘，送建康斩首。
杨佺期、桓玄的兵到建康城外，殷仲堪至芜湖。刘牢之帅北府兵入京师，军于新亭。道子接受桓冲之子桓脩的建议，用计拆散桓、杨、殷的联合。未经战斗，桓、杨、殷便撤军回荆州。三人之间名义上还维持同盟关系，内心已是互相猜疑。
荆州兵退后，元显便谋篡道子之权。道子有病，又每日酣饮，无日不醉。元显使朗廷免除道子司徒、扬州刺史的职务，自为扬州刺史。道子酒醒后才知道，但已无可奈何。
元显性苛刻，生杀任意，刚愎自用，不听别人意见。他想建立一支自己的军队，但兵源不足，于是就“发东土诸郡免奴为客者曰乐属，移置京师，以充兵役”（《晋书·简文三王，会稽王道子传》）。按晋朝制度，“客皆注家籍”，是主人的依附民。奴免为客，身份地位有提高，但仍属于主人，不能离开主人。发奴免为客者号曰乐属，乃是把私家的依附民收归朝廷，却还美其名是“乐属”，说他们乐于从属官府。客的主人失掉了客，不满意。客都已成家立业，令要移置京师，当然也不满意。元显此举，损害了以客为主要劳动力的地主们的利益，也失掉了客这一阶层的支持。上游荆、江等州已非元显所有，今又失掉扬州东土的人心。元显的这一措施，加剧了当时的社会矛盾，成为孙恩起义的导火线。
孙恩起义孙恩，琅邪人，世奉五斗米道。其叔父孙泰，师事钱塘杜子恭。子恭死，孙泰传其术，借传教组织群众。“泰见天下兵起，以为晋祚将终，乃煽集百姓，私集徒众，三吴士庶多从之”（《晋书·孙恩传》）。道子诱斩了孙泰及其六个儿子。泰兄子孙恩逃亡海外。
安帝隆安三年（399）十月，元显征发免奴为客者兵役，引起了三吴的骚乱。孙恩乘机自海上回来，攻上虞，杀县令，因袭会稽，害内史王凝之，有众数万。于是会稽谢鍼、吴郡陆环、吴兴丘■、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永及东阳、新安等八郡，一时俱起，杀长吏以应之。“旬日之中，众数十万”。吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸，嘉兴公顾胤，南康公谢**，黄门郎谢冲、张琨，中书郎孔道、太子洗马孔福，乌程令夏侯愔等，皆被杀。吴国内史桓谦、义兴太守魏隐、临海太守新蔡王司马崇等，纷纷弃城出奔。三吴地区，是门阀地主集中的地区。此次那些被杀和逃亡的地方官，大多是谢、顾、张、孔等族的人。
孙恩占有会稽后，自称征东将军。东晋朝廷以元显领中车将军，以徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事，领兵镇压孙恩起义。刘牢之也领兵协助谢琰作战。
隆安三年十二月（400 年初），谢琰攻杀义兴许允之，破吴兴丘尪。谢琰屯兵乌程（今浙江吴兴南），派司马高素领兵协助刘牢之向浙江（今钱塘江）推进。孙恩战败，率男女二十多万人退入海岛。刘牢之的军队到处掳掠，弄得“郡县城中无复人迹”（《资治通鉴》卷——一，晋安帝隆安三年）。隆安四年（400）五月，孙恩再次从浃口（今浙江镇海东南）登陆，入余姚，破上虞。战争互有胜败。后孙恩攻克邢浦，乘胜径进，至会稽。会稽太守谢琰骄傲轻敌，孙恩兵到，他还未吃饭，便夸口说“当灭此贼而后食”。双方一交战，谢琰及二子均被斩杀。
冬十一月，东晋派刘牢之都督会稽等五郡，帅兵击孙恩。孙恩败，撤回海岛。
隆安五年（40）二月，孙恩出浃口，攻句章，为刘牢之所败，复走入海。三月，孙恩北趣海盐，为刘裕所败，转趣沪渎（今上海）。五月，取沪渎，杀吴国内史袁山松。六月，孙恩浮海溯江至丹徒（今江苏镇江东南）。这时，孙恩有战士十余万，战船千余艘。京师建康大震。东晋朝廷赶忙调集各地军队入卫京师。孙恩知建康有备，遂北走郁州（今江苏连云港），遣别将攻入广陵。孙恩军为刘裕所败，死伤甚多，军力大减。至沪渎，又为刘裕所败，遂又退入海岛。
元兴元年（402）三月，孙恩进攻临海。几年战争，起义军损失惨重，这次进攻，已是强弩之末了。孙恩进攻临海失败，知大势已去，便与部下一起投水而死。
桓玄的篡位在孙恩农民起义期间，东晋统治阶级内部的斗争也异常激烈，这主要是围绕着桓玄的夺权、篡位活动而展开的。
公元398 年，桓玄、殷仲堪、杨佺期以讨司马尚之为名，进兵建业。后因王恭被杀，退回荆州。后来，桓玄火并了殷仲堪和杨佺期。东晋朝廷命他都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州和扬、豫八郡诸军事，兼任荆、江两州刺史。桓玄又以兄桓伟为雍州刺史，从子振为淮南太守，朝廷也只好依他。这样一来，桓玄所控制的地区，以荆州为基础，西起梁（今陕西省南部），益（四川），宁（云南），东抵建业近郊。
但桓玄并不以此为满足，他想作皇帝。他写信给元显，指责朝政日坏，在朝君子不敢说话，致酿成孙恩之祸。元显看了信，非常害怕。谋士对他说，桓玄刚占据荆州，人情未附，应乘此时机，进军讨伐。元显决定发兵征桓玄，以镇北将军刘牢之为前锋都督，自为骠骑大将军，征讨大都督，都督十八州诸军事。
桓玄听得元显发兵，一面发檄文数说元显罪状，一面挥师东下，直指建康。历阳一战，俘豫州刺史司马尚之。司马休之败逃。
元显所依靠的是北府将领刘牢之，但刘牢之率军投降了桓玄。元显不战而溃，被俘。桓玄入建业，杀元显。公元403 年，桓玄废晋帝，自为皇帝，国号楚。
桓玄对于东晋**政治是想加整顿的。据《宋书·武帝纪》记载，晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓不得保其产业。桓玄“颇欲厘改，竟不能行。”桓玄作皇帝没有几个月，就失败了。
北府兵是一支较强的军事力量，桓玄代晋后，对北府兵一直心存疑虑。
当时北府兵最高的将领是刘牢之。刘牢之先是背叛王恭投降元显，后又背叛元显投降桓玄，桓玄对刘牢之不信任，对北府兵也存有戒心。桓玄开始有计划地消灭北府兵中有影响的人物。他先借故杀了刘牢之，后又杀北府诸将。《晋书·桓玄传》记载“玄又害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史季武、冠军将军孙无终等，皆刘牢之之党，北府旧将也。”
桓玄对北府兵的疑惧并非是无端的猜测，北府兵确实足以构成对桓玄的威胁，日后，桓玄果然败于北府兵将领刘裕之手。刘裕在镇压孙恩起义中有勇有谋，已日露头角。桓玄对刘裕的军事才能是很赏识的，评价很高。但，因之也颇有疑忌。桓玄篡位前，他的从兄卫将军桓谦与刘裕密谈，探听刘裕的口气。刘裕说“楚王（桓玄），宣武（桓温）之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”（《宋书·武帝纪》）桓谦高兴地说“卿谓可尔，便当是真可尔！”桓玄篡位后，刘裕随徐、兖州刺史桓脩入朝。桓玄对王谧说“刘裕风骨不桓，盖人杰也。”桓玄的皇后刘氏对桓玄说“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之。”桓玄说“我方平荡中原，非裕莫可用者；俟关河平定，然后别议之耳。”（《资治通鉴》卷一一三晋安帝元兴三年。参看《宋书·武帝纪》）这些都反映桓玄对刘裕又疑忌又赞赏的情绪。刘裕以劝进的手段和伪装的忠心取得桓玄的信任，但同时他却在京口和北府旧人刘道规、刘毅、孟昹、何无忌、诸葛长民等密谋推翻桓玄了。
安帝元兴三年（404）二月，刘裕在京口，刘毅在广陵，同日起兵。刘裕杀徐、兖二州刺史桓脩。刘毅杀青州刺史桓弘，领兵渡江至京口与刘裕军会合。众人共推刘裕为盟主，统众向建康进发。
桓玄听得刘裕等起兵，甚为震惊。如何对付，可以有两条战略安排。一是出兵东下迎战，一是在建康待敌。桓谦等主张前者，桓玄主张后者。桓玄说“彼兵速锐，计出万死。若行遣水军，不足相抗。如有蹉跌，则彼气成百我事败矣。不如屯大众于复舟山（今南京市东北）以待之。彼空行二百里无所措手，锐气已挫。既至忽见大军，必惊惧骇愕。我按兵坚阵，勿与交锋，彼求战不得，自然散走。此策之上也。”（《宋书·武帝纪上》）桓玄虽这样决策，但因桓谦力争，遂一面以侍中、后将军卞范之屯复舟山西，桓谦屯复舟山东北，一面派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷率兵东向迎敌。
刘裕和吴甫之、皇甫敷的军队在江乘（今江苏龙潭）相遇。刘裕手执长刀，大呼冲阵，众皆披靡、裕手起刀落，斩吴甫之于军前。刘裕军进至罗落桥，又大败皇甫敷军，斩皇甫敷。吴、皇甫，皆桓玄之骁将。两将死，桓玄大惧。
刘裕军进至复舟山东。桓谦的兵，多北府旧兵，素畏刘裕，闻刘裕到，没有斗志，刘裕与刘毅分兵为数队，进突桓谦阵。刘裕身先士卒，将士皆殊死战，呼声动天地，无不以一当百。桓谦军大溃。
桓玄知桓谦等大军败绩，遂仓惶离开建康逃回荆州，收集战士，得二万多人，楼船、器械甚盛，遂又帅军东下，与刘裕大战于峥嵘洲（今湖北黄冈附近）。此战桓玄败北，被杀。桓家在上游荆州等地是有基础的，桓玄虽死，桓谦和桓玄从子桓振等在荆州继续抗击刘裕，有一年左右，才最后被消灭，桓玄退回荆州时，是带着东晋安帝一起走的。安帝是个白痴，又被刘裕迎回去，复了皇位。东晋军政大权，遂落入刘裕之手。
刘裕的专权和东晋的灭亡义熙五年（409），刘裕因南燕对边境的不断骚扰，率军北伐。四月，刘裕自建康出发，率舟师沿淮河、泗水，至下邳（今江苏邳县南），留下船舰辎重，自陆路至琅邪（今山东临沂北）。所过之处，皆筑城，留兵守之，以防南燕人断其后路。
刘裕率大军过了大岘山天险，见燕兵没有防备，大喜过望，说“兵已过险，士有必死之志。余粮栖亩，人无匮乏之忧。敌虏已入吾掌中”（《资治通鉴》卷一一五安帝义熙六年）。刘裕进军与南燕军战于临朐南，这一战役，是两军的主力决战。南燕几乎全军覆没，南燕主慕容超只身逃回广固。次年二月，刘裕攻破广固城，生擒慕容超，斩于建康。南燕王公以下被杀者三千人，家口投入者万余。南燕亡。
正当刘裕进兵南燕、围困广固的时候，孙恩的余部卢循、徐道覆想乘机袭取建康。徐道覆是卢循的姐夫。在孙恩失败后，卢循为了保存实力，接受了东晋任命的广州刺史官职，在广州住了五年零四个月。
40 年二月，卢循与徐道覆分两路出兵。卢循自始兴（今广东韶关市西）攻长沙，走现今湖南一线，这是西线。徐道覆出南康、庐陵、豫章，走今江西一线，这是东线。
东晋江州刺史何无忌自浔阳迎击徐道覆。两军战于豫章。何无忌大败，战死。刘裕闻讯，慌忙班师南归，自己只带几十个人，于四月间赶回建康。卢、徐合兵，沿江顺流而下，与刘毅的军队遇于桑洛洲（今江西九江东北）。毅军大败，辎重所弃，堆积如山。建康人心惶惶，有人主张过江暂避。卢、徐顿兵建康城下两个月，师老兵疲，给养困难，只好南撤，退守寻阳。此后，卢循、徐道覆与刘裕屡战不利，决计退军先取荆州，又为刘裕所败，遂退回广州。徐道覆退保始兴，因险自守。4 年二月，晋军攻破始兴，徐道覆被杀。三月，卢循率部到广州，广州城已为刘裕从海路登陆的军队所攻取。卢循转战奔交州，兵败投水而死。自399 年孙恩起义至4 年四月卢循的失败，这次农民战争前后持续了十一年零五个月。
灭了南燕，又灭了卢循、徐道覆，刘裕开始整顿政治、社会各方面的问题。东晋的政治社会问题，主要是门阀和豪强的土地兼并和对于劳动力的强占，致使广大人民流离失散不得温饱。刘裕的整顿，矛头也必然指向门阀和豪强。《宋书·武帝纪》记载“公既作棘，大示轨则，豪强肃然，远近知禁。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千余人。公诛亮，免会稽内史司马休之。”诛虞亮，是在义熙七年（4）。虞亮是门阀大族中以身试法之第一人。就在这一年，刘裕恢复了秀才、孝廉策试的制度，这就阻断了门阀士族的仕进之途。“先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人。公表天子，申明旧制，依旧策试。”（《宋书·武帝纪》）州郡所送的不经策试的秀才、孝廉多非其人，大约都是以门第关系进来的。刘裕“申明旧制，依旧策试”，一方面把决定权更多地集中在朝廷，一方面限制和打击了门阀和豪强的势力。
义熙八年（42）十一月，刘裕在江陵消灭刘毅的反对势力后，即下书整顿荆州、江州户籍租役和不利于民的一些征敛，规定“凡租税调役，悉宜以见户为正。州郡屯田、池塞，诸非军团所资利入守宰者，今一切除之。州郡县吏，皆依尚书定制，实户置台调，癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出。巴陵均折度之，依旧兵运。原五岁刑以下，凡所质录贼家余口，亦悉原放。”（《宋书·武帝纪中》，下同）
东晋以来，山湖川泽多为门阀和豪强霸占。一般老百姓使用，要向他们纳税。公元43 年，刘裕下令禁断这些人封固山泽。据《宋书·武帝纪》载“先是，山湖川泽皆为豪强所专，小民薪采渔钓，皆责税直。至是，禁断之。”同年，刘裕规定实行土断法。他对桓温在兴宁二年（324）月庚戌颁布的土断法是很推崇的。他说“大司马桓温，以民无定本，伤治为深。庚戌土断，以一其业。于时财阜国丰，实由于此。”他请求“准庚戌土断之科”。
东晋以及后来的南朝，实行过多次土断，成效显著的是桓温和刘裕这两次。刘裕这次土断，只有“徐、兖、青三州居晋陵者，不在断例，诸流寓郡县，多被并省”。
在整顿内政的同时，刘裕继续消灭地方割据政权并收复北方失地。
益州自义熙元年（405），即为谯纵所割据。那年，桓振在荆州作乱，益州刺史毛璩派蜀兵东下讨桓振。蜀人不乐远征，群推谯纵为主，攻陷成都，杀毛璩。谯纵自称成都王。义熙八年十二月（为43 年初），刘裕以朱龄石为益州刺史，率众伐蜀。次年（43）五月，朱龄石至成都。谯纵逃出，自缢死。蜀平。
公元4 年，后秦主姚兴死，子姚泓即位。姚氏兄弟子侄间展开一场争夺王位的斗争。刘裕乘此机会，于八月间自建康发兵，北征姚泓。晋兵分五路出征，龙骤将军王镇恶、冠军将军檀道济将步兵自淮、淝向许、洛；一路趋阳城；一路趋武关；一路将水军出石门自汴入河；一路自巨野入河。
晋军所向皆捷。
47 年七月，晋军自河入渭攻长安。大破长安守军。后秦主姚泓兵败出降。后秦亡。
九月，刘裕到长安，杀了后秦投降的王公大臣，把姚泓送到建康，斩首示众。
取得了关中，刘裕的声望是树立起来了，这为他的篡位奠定了基础。但保住关中却是不易的。夏和北魏都在那里窥伺着，等待机会夺取关中，而让刘裕先夺取关中，是在他们的意料之中。在刘裕取关中之前，夏主赫连勃勃就说“刘裕伐秦，水陆兼进。且裕有高世之略，姚泓岂能自固。吾验以天时人事，必当克之。又其兄弟内叛，安可以距人？裕既克长安，利在速返，正可留子弟及诸将守关中。待裕发轸，吾取之若拾芥耳。”（《晋书·赫连勃勃载记》）崔浩对北魏主拓跋嗣的话，也持这种看法，他说“关中华戎杂错，风俗劲悍。裕欲以荆扬之化施之函、秦，此无异解衣包火，张罗捕虎。虽留兵守之，人情未洽，趋尚不同，适足为寇敌之资耳。愿陛下按兵息民以观其变，秦地终为国家之有，可坐而守也。”（《资治通鉴》卷一一八安帝义熙十三年）
刘裕有一得力大臣叫刘穆之。刘裕领兵北伐，刘穆之留守建康，内总朝政，外供军旅。史称其“决断如流，事无雍滞”（《资治通鉴》卷一一七）。刘穆之病死。刘裕一怕朝中有变，二来他本无久留关中之心，于是便匆匆南返。他以十二岁的儿子义真为都督雍、梁、秦三州诸军事、安西将军、领雍、东秦二州刺史，镇守长安。留下为争功而不和的王镇恶、沈田子等人辅佐义真。沈田子对刘裕说“镇恶家在关中，不可保信。”刘裕说“今留卿文武将士精兵万人，彼若欲为不害，正足自灭耳，勿复多言。”又私对田子说“锺会不得遂其乱者，以有卫瓘故也。语曰猛兽不如群狐。卿等十余人，何惧王镇恶。”
刘裕东返后，夏主赫连勃勃即向长安进兵。沈田子忌恨王镇恶，诬镇恶谋反，把他杀害。义真的长史王脩，以擅杀之罪杀田子。义真年少，用度无节，王脩常加以裁俭。义真不高兴。有人乘机陷害王脩，说王镇恶本是谋反，沈田子把他杀了，王脩杀田子是自己在谋反。义真信以为真，又把王脩杀了。夏主赫连勃勃得知长安政局的混乱，即迅速攻占长安附近的咸阳。义真在长安呆不住了，纵兵掠夺，多载宝货妇女，撤离长安。勃勃派兵追杀。义真大败，藏匿草中，只身逃回建康。刚刚收复的关中，又失掉了。十二岁的义真，回建康后只是降职处分，作了建威将军、司州刺史。
附西晋世系表东晋世系表十六国简表刘裕回建康后，于公元420 年废晋帝，自立为帝，改国号为宋，改元永初。历史上以这一年为南北朝开始的年代。这时，北魏已不断强大，但北方尚存在西凉、北凉、北燕、西秦和大夏。一直到439 年，北魏统一北方，南北朝对峙的局面才在全中国境内正式形成。
十六国简表国名创建者建立年代民族亡于何国成——汉李特——李雄304 氐巴347 年亡于东晋西晋未年建立的两国汉——前赵刘渊——刘曜304 匈奴329 年亡于后赵国名创建者建立年代民族亡于何国后赵│ 石勒39 羯350 年亡于冉魏前燕慕容皝337 鲜卑370 年亡于前秦前凉张茂320 汉37 年亡于前秦东晋初年建立的四国前秦苻健35 氐394 年亡于西秦后秦姚苌384 羌47 年亡于东晋后燕慕容垂384 鲜卑409 年亡于北燕西秦乞伏国仁385 鲜卑43 年亡于夏后凉吕光385 氐403 年亡于后秦北凉沮渠蒙逊40 匈奴439 年亡于北魏南凉秃发乌孤397 鲜卑44 年亡于西秦南燕慕客德398 鲜卑40 年亡于东晋西凉李暠400 汉42 年亡于北凉夏赫连勃勃407 匈奴43 年亡于吐谷浑淝 水 战 后 建 立 的 十 国北燕冯跋409 汉43 年亡于北魏第三章南北朝的对峙第一节北魏建国的历程拓跋氏是鲜卑族部落联盟中的一个构成单位。拓跋氏建立魏国，是经历了长期的发展过程的。
据《魏书·序纪》记载，拓跋氏历史的序幕是从拓跋毛开始的。他为“远近所推，统国三十六，大姓九十九，威振北方，莫不率服”。关于这时期拓跋氏的历史，我们知道的很少，所谓统国三十六，大姓九十九，大约都是一个氏族部落联盟中的氏族部落。
拓跋毛后，五传到了拓跋推寅时候，正值东汉初年，拓跋氏开始从原来的居地向南移动。“南迁大泽，方千余里，厥土昏冥沮洳”。七传到了拓跋邻，以所在地荒遐，又谋南迁，因年老，传位于子拓跋诘汾，帅部南移。“山谷高深，九难八阻，于是欲止。有神兽，其形似马，其声类牛，先行导引，历年乃出，始居匈奴之故地。”神兽之说，是拓跋氏早期的神话传说。
拓跋力微和拓跋猗卢。拓跋氏的初步发展拓跋诘汾死，子拓跋力微立。在《魏书·序纪》里，力微被称为始祖，他在位五十八年，活了一百零四岁。在拓跋氏历史上，力微是有贡献的，因此他被称为始祖。
拓跋力微居匈奴故地之前，拓跋氏的原始居地大约在内蒙古自治区鄂伦春自治旗大兴安岭北部一带。《魏书·礼志一》载“魏先之居幽都也，凿石为祖宗之庙于乌落侯国西北。自后南迁，其地隔远。真君中，乌落侯国遣使朝献，云石室如故，民常祈请，有神验焉。其岁，遣中书侍郎李敞诣石室，告祭天地。”据《礼志》这条记载看，这石室所在之处，就是拓跋氏族最早活动的地区。980 年7 月在内蒙古自治区鄂伦春自治旗阿里河镇西北十公里大兴安岭北部东麓，发现了这个石室。石室内还保存着北魏世祖拓跋焘太平真君四年（443）派遣中书侍郎李敞来告祭天地时的石刻祝文。石刻祝文与《魏书·礼志一》所记大体一致，仅个别字句稍有出入。石室的发现，证实了今年蒙古鄂伦春自治旗阿里河镇一带是拓跋氏族的最早居地，正是从这一地区南移居匈奴故地的。
拓跋力微之前，拓跋氏还经历过一次纷乱。《魏书·序纪》记载，“先是西部内侵，国民离散，依于没鹿回部。”拓跋氏逐渐发展，力微率领部人“北居长川”（内蒙兴和县一带）。“诸旧部民，咸来归附”。他在位的第二十九年（曹魏齐王芳正始九年。公元248 年），拓跋氏与没鹿回部发生矛盾，力微兼并了没鹿回部。于是“诸部大人悉皆款服，控弦上马二十余万”。十年后（曹魏高贵乡公甘露三年，公元258 年），迁于定襄之盛乐（今年蒙和林格尔北）。这年四月举行“祭天”大典，“诸部君长，皆来助祭。唯白部大人，观望不至。于是力微征而戮之。远近肃然，莫不震慑”。这说明拓跋力微部落大首长的地位、权力，渐渐突出。
魏晋之际，拓跋力微与汉族朝廷的关系是比较和好的。曹魏末年，他曾 米文平《大兴安岭北部发现鲜卑石室遗址》，《光明日报》980 年 月派长子沙漠汗去洛阳。沙漠汗在洛阳多年，自然受到汉文化的影响。晋武帝时，卫瓘为征北大将军，都督幽州诸军事、幽州刺史、护乌桓校尉。他一方面挑拨乌桓与拓跋力微间的关系，一方面又挑拨力微与沙漠汗间的关系，致使力微杀了沙漠汗，又使力微与贵族间矛盾，出现“诸部离叛，国内纷扰”的局面。这情况，在《晋书·卫瓘传》里有记载“于时（晋武帝泰始初至太康初）幽并东有乌桓，西有力微，并为边害。瓘离间二虏，遂致嫌隙。于是乌桓降，而力微以忧死。”
拓跋力微死后十多年，子录官得立。录官分部落为三部，录官自领一部居东，在上谷北濡源之西（今河北沽原东南），东与宇文部为邻；以沙漠汗之长子猗■统一部，后代郡之参合陂北（今山西阳高东北）；以猗■之弟猗卢统一部，居定襄之盛乐故城（今内蒙和林格尔北）。后录官和猗■先后病死，猗卢遂总摄三部，拓跋氏强大起来。
这时正是西晋末年中原大乱的时候。西晋并州刺史刘琨请求猗卢援助，以抗击刘渊、石勒。晋怀帝以猗卢为大单于，封代公。并以马邑、阴馆、楼烦、繁畤、崞五县地给猗卢。愍帝以猗卢为代王。
从力微到猗卢，拓跋族的历史发展，大体已到氏族社会的末期。这时期，拓跋族对外战争主要是为了掠夺财富。在这个社会阶段上，掠夺被认为是一种生产形式。
财富的积累，自然促进拓跋部落中交换关系的发展。《水经·河水注》“皇魏桓帝（猗■）十一年（305），西幸榆林，东行代地，洛阳大贾赍金货随皇后行。”《魏书·莫合传》“莫含，雁门繁峙人也，家世货殖，赀累巨万。刘琨为并州，辟含从事。含居近塞下，常往来国中，穆帝（猗卢）爱其才器，善待之..常参军国大谋。”莫含，就是个大商。
对外掠夺，加上交换关系的发展，促进了氏族部落内部贫富差异的扩大，也促进氏族部落内部阶级的分化。
拓跋力微以后，最高首长——王的权力扩大起来，法律开始萌芽。《魏书·刑法志》载“魏初礼俗纯朴，刑禁疏简。宣帝南迁，复置四部大人，坐王庭，决辞讼，
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